У яку теку заливаються всі файли сайту? Навіщо на аккаунте інші папки?

email - тут зберігаються ваші поштові скриньки, etc - тут зберігаються системні налаштування, база статистики відвідин і тому подібне, logs - балки (журнали доступу і помилок) php-bin - налаштування php. ("просто так" краще не чіпати), public_html - це симлінк (заслання, покажчик) на папку /www/ваш_домен/ (якщо його видалити нічого страшного не станеться. просто з ним зручніше), tmp - місце для зберігання ваших тимчасових файлів, users - тут зберігаються файли доп. користувачів, FTP www - місце за умовчанням для розміщення папок  www-доменів всі файли сайту yourdomain.com потрібно заливати в /www/yourdomain.com/, або скористатися засланням public_html.