У яку теку заливаються всі файли сайту? Навіщо на аккаунтi інші папки?
email - тут зберігаються ваші поштові скриньки, etc - тут зберігаються системні налаштування, база статистики відвідин і тому подібне, logs - логи (журнали доступу і помилок) php-bin - налаштування php. ("просто так" краще не чіпати), public_html - це симлінк (посилання, покажчик) на папку /www/ваш_домен/ (якщо його видалити нічого страшного не станеться, просто з ним зручніше), tmp - місце для зберігання ваших тимчасових файлів, users - тут зберігаються файли дод. користувачів, www - місце за заумовчанням для розміщення папок www-доменів, всі файли сайту yourdomain.com потрібно заливати в /www/yourdomain.com/, або скористатися посиланням public_html.